走科技興國之路,創(chuàng )自主國際品牌
Technique Support
技術(shù)應用
【摘要】表面等離子體共振(SPR)技術(shù)作為一種強大的生物物理工具,在分子垂釣領(lǐng)域展現出 卓越的應用價(jià)值。分子垂釣是藥物研發(fā)的前沿技術(shù),在藥物發(fā)現中發(fā)揮著(zhù)重要作用,該技術(shù)憑借其 高靈敏度、高特異性、實(shí)時(shí)活性監測、自動(dòng)化進(jìn)樣和回收能力,結合高分辨質(zhì)譜的鑒定功能,不僅 可以用于從細胞裂解液中篩選和捕獲蛋白質(zhì)等生物大分子,還能應用于中藥和天然產(chǎn)物提取液中小 分子化合物的垂釣。在復雜的粗樣本原液中特異性的垂釣發(fā)掘出高價(jià)值的分子和活性成分的獨特能 力使得分子垂釣技術(shù)成為現代生物醫藥和食品行業(yè)中備受關(guān)注的技術(shù)。本文詳細闡述了基于 SPR 的 分子垂釣技術(shù)原理,全面綜述了其在藥物研發(fā)、生物醫學(xué)研究、中藥成分篩選及作用機制探究等多 個(gè)領(lǐng)域的應用情況,深入探討了實(shí)驗中的關(guān)鍵因素,并對該技術(shù)面臨的挑戰與未來(lái)發(fā)展趨勢進(jìn)行了 展望。
1、引言
隨著(zhù)生命科學(xué)與生物技術(shù)的迅猛發(fā)展,深入了解分子間相互作用機制對于諸多領(lǐng)域的突破至關(guān) 重要。SPR 技術(shù)憑借其能夠實(shí)時(shí)、無(wú)標記且高靈敏地監測分子間結合與解離過(guò)程的特性,成為分子 垂釣的得力手段,為解決復雜的生物學(xué)和藥學(xué)問(wèn)題提供了新途徑。分子垂釣是藥物研發(fā)的前沿技 術(shù),被廣泛應用于新目標和活性成分的檢測,在藥物發(fā)現中發(fā)揮著(zhù)重要作用,具體的作用包括發(fā)現 未知的新靶點(diǎn)和識別藥物已知的作用位點(diǎn)。此外,當天然產(chǎn)物的目標難以確定時(shí),分子垂釣技術(shù)可 以識別其有效的單體組分。分子垂釣技術(shù)通過(guò)直接篩選細胞提取物來(lái)尋找和識別可能與誘餌配體相 互作用的分子,為藥物靶點(diǎn)發(fā)現的研究奠定了良好的基礎。
2、基于 SPR 的分子垂釣技術(shù)原理
SPR 現象基于金屬薄膜表面等離子體與入射光的共振耦合,當入射光特定角度照射到鍍有金屬 膜(如金膜)的傳感芯片表面,且表面附近介質(zhì)折射率發(fā)生變化時(shí),會(huì )引發(fā)反射光強度的急劇改 變,通過(guò)監測這一變化可實(shí)時(shí)追蹤分子結合與解離動(dòng)態(tài)?;?SPR 的分子垂釣技術(shù)基本原理就是從 中藥煎劑、中草藥提取物或化合物庫等復雜混合物中“釣取”可以與配體結合的分子。在分子垂釣 應用中,將靶標分子(如蛋白質(zhì)、核酸等)固定于芯片表面,注入含待檢測分子的樣品溶液,若兩者發(fā)生特異性結合,芯片表面折射率改變,SPR 信號響應,垂釣出混合樣品中與靶蛋白結合的分子,
最后利用質(zhì)譜對回收到的樣品進(jìn)行鑒定[1]。在這些研究中使用 SPR 生物傳感器,可以解決以下任務(wù): (a)基于 SPR 選擇特定生物樣品最有效親和分離所需的固定化條件;(b)基于 SPR 的分子垂 釣,用于隨后通過(guò)質(zhì)譜進(jìn)行蛋白質(zhì)鑒定;(c)基于 SPR 驗證已鑒定蛋白質(zhì)與固定化配體的相互作 用。
3、基于 SPR 的分子垂釣應用領(lǐng)域
3.1 藥物研發(fā)
SPR 技術(shù)可快速篩選大量化合物與潛在靶點(diǎn)蛋白的相互作用。例如,在抗癌藥物研發(fā)中,將癌 相關(guān)蛋白固定于芯片,與小分子化合物庫進(jìn)行垂釣實(shí)驗,能精準定位可抑制該蛋白活性的先導化合 物,測定先導化合物與靶點(diǎn)的親和力常數(KD)、結合速率常數(ka)和解離速率常數(kd)等動(dòng) 力學(xué)參數,直觀(guān)反映結合的緊密程度與穩定性。通過(guò)不斷調整化合物結構并重復垂釣測試,篩選出 親和力更強、藥代動(dòng)力學(xué)性質(zhì)更佳的候選藥物,提高藥物研發(fā)成功率,進(jìn)而確定全新的藥物靶點(diǎn),為 后續藥物設計開(kāi)辟方向[2,3]。如中國科學(xué)院上海有機化學(xué)研究所生物與化學(xué)交叉學(xué)科研究中心團隊[4] 預測 STAT3 為雷帕霉素的直接功能性蛋白質(zhì)靶標,通過(guò)分子垂釣確認該假設,并發(fā)現雷帕霉素同時(shí) 降低 STAT3 和 c-myc 的表達,還在肝細胞癌的異種移植小鼠模型中驗證了結論,為癌癥治療的 STAT3 抑制劑的藥理學(xué)和藥物開(kāi)發(fā)提供重要信息。暨南大學(xué)醫學(xué)院費嘉教授團隊[5]通過(guò) SPR-MS 技術(shù)鑒定小 檗堿作用靶點(diǎn) UHRF1,將小檗堿固定到傳感芯片上,加入細胞裂解液孵育,垂釣靶蛋白并回收,經(jīng)質(zhì) 譜鑒定,確定 UHRF1 為小檗堿的潛在作用靶點(diǎn),并通過(guò) SPR 和分子對接驗證了相互作用。
Patching SG[6]研究了 SPR 技術(shù)在 G 蛋白偶聯(lián)受體配體篩選中的應用,通過(guò)分子垂釣篩選出與特定 G 蛋白偶聯(lián)受體具有高親和力的配體分子,為開(kāi)發(fā)針對該類(lèi)受體的藥物提供了重要的篩選工具。上海 第二軍醫大學(xué)藥學(xué)院 Cao Y 等[7]描述了一種基于 SPR 的靈敏、高效、便捷的方法的建立和應用,用于 從中草藥中篩選靶向腫瘤壞死因子受體 1 型(TNF-R1)的活性成分。調整中草藥提取物濃度進(jìn)行 SPR 結合試驗,在大黃提取物中觀(guān)察到顯著(zhù)的響應信號。然后,回收、富集 TNF-R1 結合成分,并 通過(guò) UPLC-QTOF/MS 進(jìn)行分析,鑒定出 hyscon-8-O-β-D - 單葡萄糖苷(PMG)為生物活性化合物, 并通過(guò) SPR 親和力分析確定 PMG 對 TNF-R1 的親和力常數。
3.2 生物醫學(xué)研究
研究細胞內信號傳導通路時(shí),依次固定不同的信號蛋白,垂釣與之相互作用的上下游蛋白,逐步勾
勒出復雜的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò ),助力揭示細胞生理功能調控機制以及疾病發(fā)生發(fā)展的分子基礎 Alexis S,Ivanov 等人[8]使用了結合親和分子垂釣和后續質(zhì)譜的方法,研究了與固定化微粒體細胞色 素 b5(CYB5A)相互作用的人類(lèi)肝臟蛋白質(zhì),結果表明直接分子垂釣適用于分析正常和病理條件下 的蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用,這對醫療領(lǐng)域中研究疾病狀態(tài)下的蛋白質(zhì)相互作用具有重要意義。石 河子大學(xué)新疆植物藥資源利用教育部重點(diǎn)實(shí)驗室的研究團隊選擇 TNF-α為靶點(diǎn),利用 TNF-α 芯 片,“垂釣” 中草藥提取物中的活性分子,并用 LC-MS 進(jìn)行鑒定得到 3 種活性分子,隨后測定了 三種活性分子與靶點(diǎn) TNF-α 的親和力,明確其結合能力,最終在細胞水平證明其 TNF-α 抑制劑 的作用。
針對特定疾病,將疑似生物標志物分子(如特定蛋白或核酸片段)固定于芯片,從患者血液、
腦脊液等生物樣本中垂釣與之結合的內源性分子,經(jīng)鑒定后發(fā)現新的生物標志物,用于疾病早期診
斷、病情監測及預后判斷。Savitha,K [9]使用 SPR 技術(shù)對乳腺癌進(jìn)行早期檢測。模擬結果顯示正常細胞和 癌細胞的波長(cháng)光譜發(fā)生明顯變化,這種基于 SPR 的傳感器非常靈敏,是生物醫學(xué)應用的最佳選擇。Huimin
Lei[10]在霍奇金淋巴瘤(HL)的研究中,構建了一系列網(wǎng)絡(luò )模型,包括背景網(wǎng)絡(luò )、HL 基本網(wǎng)絡(luò )和特定于 HL 的網(wǎng)絡(luò )。通過(guò)分析這些網(wǎng)絡(luò ),研究了 HL 相關(guān)蛋白的連接特性。發(fā)現 HL 相關(guān)蛋白質(zhì)更可能彼此連接,并且作 為 HL 特定網(wǎng)絡(luò )的骨干,可以進(jìn)一步將 HL 特定網(wǎng)絡(luò )分為五個(gè)子網(wǎng)和 49 個(gè)蛋白質(zhì),它們可能與 HL 密切相關(guān)。 此外,還發(fā)現蛋白質(zhì)對的共調度是 HL 特定網(wǎng)絡(luò )中蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò )上 miRNA 的主要調節模式。根據 miRNA 對蛋 白質(zhì)網(wǎng)絡(luò )的調節,鑒定出 5 個(gè)核心 miRNA 為潛在的 HL 診斷生物標志物。
3.3 中藥研究
鑒于中藥成分復雜多樣,SPR 技術(shù)提供了高效篩選途徑。以某單味中藥或復方提取物為樣品, 針對特定病癥相關(guān)靶標(如炎癥相關(guān)細胞因子受體)進(jìn)行垂釣,結合質(zhì)譜等技術(shù)可快速鎖定具有活 性的小分子成分,如從清熱解毒類(lèi)中藥中垂釣出黃酮類(lèi)、萜類(lèi)等抗炎活性成分。
海軍醫科大學(xué)藥學(xué)院藥物代謝產(chǎn)物研究上海重點(diǎn)實(shí)驗室 Zhang Y 等[11]構建了基于表面等離子共 振技術(shù)(SPR)的雙靶點(diǎn)中草藥分析體系,將 Spike RBD 蛋白和 ACE2 蛋白分別偶聯(lián)在芯片的不同 通道上,“垂釣”出中草藥提取物中的活性分子,發(fā)現葛根素與 Spike RBD 蛋白、ACE2 蛋白都能 特異性結合。為探索中草藥活性成分的靶向疾病治療機制提供了一種新思路。
福建省片仔癀天然醫藥研發(fā)企業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗室聯(lián)合福建中醫藥大學(xué)[12]建立了一種基于 SPR 垂釣技
術(shù)來(lái)分析安宮牛黃丸的質(zhì)量標志物的方法,利用 UPLC-Q-TOF-MS 分析安宮牛黃丸主要化學(xué)成分,采 用網(wǎng)絡(luò )藥理學(xué)預測潛在靶點(diǎn),構建 STAT3 蛋白芯片進(jìn)行垂釣回收,分析鑒定出 10 種潛在的活性成 分,并確定了其對 STAT3 靶點(diǎn)的親和動(dòng)力學(xué)參數。海軍軍醫大學(xué)團隊[13],將攜帶膜蛋白 CXCR4 的 慢病毒顆粒固定在 CM5 芯片上,對川芎、穿心蓮、苦楝子的草藥提取物進(jìn)行 SPR 分子垂釣,串聯(lián) UPLC-QTOF-MS 技術(shù),鑒定到來(lái)源于川芎的洋川芎內酯 I,并證明其與 CXCR4 蛋白的相互作用。第 二軍醫大學(xué)聯(lián)合上海大學(xué)團隊[14],分別將 TNF-R1、TNF-α 偶聯(lián)到 CM5 芯片上,表征芯片活性和特 異性后,將白芍提取物按照不同比例稀釋后進(jìn)樣,垂釣回收與 TNF-R1 結合的成分,再通過(guò) UPLC- QTOF/MS 分析鑒定,最后用 SPR 技術(shù)進(jìn)一步確認芍藥苷和丹皮酚與 TNF-R1 的相互作用。
確定中藥活性成分后,進(jìn)一步利用 SPR 精確測定其與靶標的親和力、結合位點(diǎn)等細節,結合細 胞實(shí)驗和動(dòng)物模型,深入解析中藥成分如何通過(guò)干預靶標分子發(fā)揮藥效,揭開(kāi)中藥傳統理論的現代 科學(xué)內涵,推動(dòng)中藥現代化進(jìn)程。
4、基于 SPR 的分子垂釣實(shí)驗關(guān)鍵因素
4.1 靶標分子的選擇與固定
依據研究目的,優(yōu)先選擇與疾病緊密關(guān)聯(lián)、功能明確且具有可成藥性的分子作為靶標。例如在 腫瘤研究中,常聚焦于癌基因產(chǎn)物、腫瘤抑制因子等;在抗感染研究中,則選取病原體關(guān)鍵入侵蛋 白或宿主免疫相關(guān)受體?;瘜W(xué)偶聯(lián)法可實(shí)現牢固結合,常用 NHS/EDC 等試劑,不過(guò)操作需精細控制 避免影響靶標活性,需根據靶標特性靈活抉擇。
4.2 樣品制備與處理
高純度樣品能減少非特異性吸附干擾,提高信號的準確性。對于生物樣本,需通過(guò)超濾、色譜 等技術(shù)去除雜蛋白、核酸等雜質(zhì);對于化學(xué)合成樣品,要嚴格控制合成副產(chǎn)物含量。同時(shí)緩沖液的 pH 值、離子強度、滲透壓等參數對分子間相互作用也影響顯著(zhù)。合適的緩沖液應模擬生理環(huán)境,維 持靶標與待測分子的活性,同時(shí)避免促進(jìn)非特異性結合,通常需經(jīng)過(guò)預實(shí)驗優(yōu)化篩選。
4.3 實(shí)驗設計與數據分析
設立陰性對照(如僅固定基質(zhì)無(wú)靶標分子)和陽(yáng)性對照(已知強結合物與靶標組合),有效甄別假陽(yáng)性與假陰性結果,確保實(shí)驗數據的可靠性。然后依據 SPR 儀器輸出的傳感圖,運用專(zhuān)
業(yè)軟件(如 SPR Analysis )擬合曲線(xiàn),準確計算動(dòng)力學(xué)參數、親和力數據,結合統計學(xué)方法深入挖 掘數據背后的生物學(xué)意義。
5、基于 SPR 的分子垂釣的優(yōu)勢與局限性
5.1 SPR 技術(shù)在分子垂釣中的優(yōu)勢
5.1.1 高效性:表面等離子體共振(SPR)生物傳感器是一種高效的儀器,適用于分子相互作用 的直接實(shí)時(shí)配準,而無(wú)需額外使用任何標簽或偶聯(lián)方法[11],可以快速、準確地檢測分子間的相互作 用,提高了分析的效率。例如,在研究復雜生物系統中分子間相互作用時(shí),SPR 生物傳感器能夠快 速篩選出潛在的相互作用分子,為后續的研究提供了有力的支持。
5.1.2 特異性強:SPR 技術(shù)在分析各種配體受體相互作用時(shí)特別有效。這是因為 SPR 生物傳感 器能夠檢測到分子間的特異性結合,從而排除非特異性結合的干擾。例如,在蛋白質(zhì)相互作用的研 究中,SPR 技術(shù)可以準確地檢測到特定蛋白質(zhì)之間的相互作用,為研究蛋白質(zhì)的功能提供了重要的 依據。
5.1.3 微量檢測:SPR 技術(shù)具有微量檢測的優(yōu)點(diǎn),能夠檢測到極少量的生物分子[12]。這對于研究 生物體內微量的生物分子相互作用具有重要的意義。例如,在研究細胞信號傳導、受體-配體、抗 體-抗原分子垂釣等生命科學(xué)領(lǐng)域時(shí),SPR 技術(shù)可以檢測到微量的生物分子,為研究這些領(lǐng)域提供了 有力的工具。
5.1.4 實(shí)時(shí)監測:SPR 技術(shù)能夠實(shí)時(shí)監測分子間的相互作用,為研究分子間的動(dòng)態(tài)變化提供了有 力的支持[11]。例如,在研究蛋白質(zhì)相互作用的動(dòng)力學(xué)過(guò)程中,SPR 技術(shù)可以實(shí)時(shí)監測蛋白質(zhì)之間的 結合和解離過(guò)程,為研究蛋白質(zhì)的功能提供了重要的依據。
5.1.5 適用性廣:SPR 技術(shù)已被廣泛應用于蛋白質(zhì)組學(xué)、細胞信號傳導、受體-配體、抗體-抗原 分子垂釣、免疫識別、癌癥研究和新藥篩選等生命科學(xué)領(lǐng)域。這表明 SPR 技術(shù)具有廣泛的適用性, 可以應用于不同的研究領(lǐng)域。例如,在海洋糖類(lèi)物質(zhì)的活性研究中,SPR 技術(shù)已成功用于海洋糖類(lèi) 化合物作用靶點(diǎn)確定、親和力測定及糖類(lèi)抗體研究等方面[13]。
5.2 SPR 技術(shù)在分子垂釣中的局限性
5.2.1 復雜樣品分析困境:面對生物體內高度復雜的樣本(如全血、組織勻漿),非特異性吸附嚴重,信號易受干擾,精準識別特異性結合信號難度大增。
5.2.2 通量瓶頸:傳統 SPR 設備單次檢測樣本量有限,在大規?;衔锖Y選、多靶標平行研究 場(chǎng)景下效率較低,難以滿(mǎn)足高通量需求。
6、展望
6.1 技術(shù)聯(lián)用突破:與微流控技術(shù)結合,實(shí)現樣品微量化、自動(dòng)化處理,降低非特異性吸附;與 質(zhì)譜聯(lián)用,實(shí)時(shí)鑒定垂釣所得分子,拓展信息獲取維度,提升復雜樣品分析能力。
6.2 高通量設備革新:研發(fā)新一代高通量 SPR 系統,同步檢測多個(gè)樣本或靶標,大幅提升通 量,加速藥物研發(fā)與生物標志物發(fā)現進(jìn)程。
6.3 普及應用推進(jìn):通過(guò)技術(shù)改進(jìn)、規?;a(chǎn)降低成本,開(kāi)發(fā)操作簡(jiǎn)易的儀器平臺,配套完善 的培訓服務(wù),促使 SPR 技術(shù)在更多領(lǐng)域生根發(fā)芽,助力科研與產(chǎn)業(yè)發(fā)展。
7、結論
SPR 技術(shù)在分子垂釣領(lǐng)域已取得豐碩成果,廣泛滲透至藥物研發(fā)、生物醫學(xué)、中藥研究等核心 陣地,為破解分子相互作用謎題提供關(guān)鍵支撐。盡管當前面臨復雜樣品、通量及成本等挑戰,但隨 著(zhù)技術(shù)創(chuàng )新與聯(lián)用策略的深入實(shí)施,未來(lái)有望迎來(lái)新的飛躍,持續為生命科學(xué)前沿探索與應用轉化 注入強大動(dòng)力。
8、參考文獻
[1]Ivanov AS, Medvedev AE. Optical surface plasmon resonance biosensors in molecular fishing. Biomed Khim. 2015 Mar-Apr;61(2):231-8. Russian. doi: 10.18097/PBMC20156102231. PMID: 25978389.
[2]Chavanieu Alain,Pugniere Martine. "SPR 片段篩選的發(fā)展." Expert opinion on drug discovery 5(2016). [3]助力藥物研發(fā) -NeoSPR-M100 生物分子相互作用分析儀,北京賽泰克生物,
https://www.chem17.com/st99132/article_3598967.html[4]Sun L, Yan Y, Lv H, Li J, Wang Z, Wang K, Wang L, Li Y, Jiang H, Zhang Y. Rapamycin targets STAT3
and impacts c-Myc to suppress tumor growth. Cell Chem Biol. 2022 Mar 17;29(3):373-385.e6. doi:
10.1016/j.chembiol.2021.10.006. Epub 2021 Oct 26. PMID: 34706270.[5]Gu C, Yin Z, Nie H, Liu Y, Yang J, Huang G, Shen J, Chen L, Fei J. Identification of berberine as a novel
drug for the treatment of multiple myeloma via targeting UHRF1. BMC Biol. 2020 Mar 25;18(1):33. doi: 10.1186/s12915-020-00766-8. PMID: 32213189; PMCID: PMC7098108.
[6]Patching SG. Surface plasmon resonance spectroscopy for characterisation of membrane protein-ligand interactions and its potential for drug discovery. Biochim Biophys Acta. 2014 Jan;1838(1 Pt A):43-55. doi: 10.1016/j.bbamem.2013.04.028. Epub 2013 May 9. PMID: 23665295.
[7]Cao Y, Li YH, Lv DY, Chen XF, Chen LD, Zhu ZY, Chai YF, Zhang JP. Identification of a ligand for tumor necrosis factor receptor from Chinese herbs by combination of surface plasmon resonance biosensor and UPLC-MS. Anal Bioanal Chem. 2016 Jul;408(19):5359-67. doi: 10.1007/s00216-016- 9633-6. Epub 2016 May 25. PMID: 27225174.
[8]Alexis S Ivanov,Alexei Medvedev,Pavel Ershov,Andrey Molnar,Yury Mezentsev. "Protein interactomics based on direct molecular fishing on paramagnetic particles: practical realization and further SPR validation." Proteomics 20(2014).
[10]Huimin Lei,Wenxu Liu,Jiarui Si,Ju Wang,Tao Zhang.Analyzing the regulation of miRNAs on protein- protein interaction network in Hodgkin lymphoma BMC Bioinformatics 1(2019).
[11]Zhang Y, Wang D, Wang X, Ma H, Liu Y, Hong Z, Zhu Z, Chen X, Lv D, Cao Y, Chai Y. A dual-target SPR screening system for simultaneous ligand discovery of SARS-CoV-2 spike protein and its receptor ACE2 from Chinese herbs. J Pharm Biomed Anal. 2024 Aug 1;245:116142. doi: 10.1016/j.jpba.2024.116142. Epub 2024 Apr 9. PMID: 38631070.
[12]Yuan HJ, Chen XY, Chen PZ, Zhang JR, Zhang RS, Xu W, Xu W, Lin XH, Luo ZY. [Prediction of quality markers of Angong Niuhuang Pills based on LC-MS and pull-down with SPR chips]. Zhongguo Zhong Yao Za Zhi. 2024 Apr;49(7):1848-1864. Chinese. doi: 10.19540/j.cnki.cjcmm.20240109.301. PMID: 38812197.
[13]Chen L, Lv D, Wang S, Wang D, Chen X, Liu Y, Hong Z, Zhu Z, Cao Y, Chai Y. Surface Plasmon Resonance-Based Membrane Protein-Targeted Active Ingredients Recognition Strategy: Construction and Implementation in Ligand Screening from Herbal Medicines. Anal Chem. 2020 Mar 3;92(5):3972- 3980. doi: 10.1021/acs.analchem.9b05479. Epub 2020 Feb 20. PMID: 32045214.
[14]Lv D, Xu J, Qi M, Wang D, Xu W, Qiu L, Li Y, Cao Y. A strategy of screening and binding analysis of bioactive components from traditional Chinese medicine based on surface plasmon resonance biosensor. J Pharm Anal. 2022 Jun;12(3):500-508. doi: 10.1016/j.jpha.2021.11.006. Epub 2021 Dec 1. PMID: 35811628; PMCID: PMC9257445.